FAUNAM cuenta con más de 90 proyectos realizados y concluidos de forma exitosa, a continuación, se muestran tan solo 37 ejemplos:
- Rescate de fauna en la presa de Chicoasén Chiapas. Campaña de difusión, recaudación de fondos, cabildeo, programación y ejecución de los eventos de rescate, captura y translocación de fauna y flora silvestres del Cañón del Sumidero, Chiapas, amenazada por la construcción de la presa hidroeléctrica de Chicoasén (Presa Manuel Moreno Torres). (1976 – 1980)
- Estudio de hábitos alimenticios y abundancia del Zorrillo Listado (Mephitis macroura macroura), en la zona de El Capulín, entre los límites de los estados de México y Morelos. Biologías de Campo I y II, Facultad de Ciencias, UNAM. (1979 – 1980)
- Establecimiento, puesta en marcha y gestión de la Reserva de la Biosfera El Triunfo Chiapas (Diseño, levantamiento, caminamiento, zonificación, decreto, estudios técnicos). (1987 – 1991)
- Estudio del Venado Bura de Isla Cedros , Baja California, México para el Cervid Specialist Group Species Survival Commission (SSC-IUCN y WWF International Joint Project (1980 – 1981). Y para Foundation for Field Research (1992 – 1993)
- Contribución al conocimiento y conservación del berrendo de Baja California (Antilocapra americana peninsularis, Antilocapridae, Mammalia) en el Desierto de Vizcaíno, Baja California Sur, México. Varios trabajos y publicaciones. (1980 – 1992)
- Coordinación, edición y coautoría de la Primera propuesta de Plan de Manejo de la Reserva Integral de la Biósfera de Montes Azules, Selva Lacandona Chiapas. para el Gobierno del Estado de Chiapas (1991).
- Proveedor oficial de la información actualizada sobre las Áreas Naturales Protegidas de México para el World Conservation Monitoring Centre (IUCN, UNEP, WWF) por encargo del Instituto Nacional de Ecología (1992 – 1994)
- Estudio de factibilidad para la creación y diseño del Centro de Estudios Estratégicos para el Desarrollo Sostenible, hoy CESPEDES del Consejo Coordinador Empresarial (CCE) (1992 – 1996)
- Conducción del Proyecto de Investigación y publicación del libro “La importancia económica de los vertebrados silvestres de México”. Proyecto A-001 de CONABIO (1993 – 1995)
- Responsables de la coordinación de los estudios de prefactibilidad y estudio de factibilidad para el establecimiento de una “Red para el Desarrollo Sustentable” (RDS), conducción del Proyecto Ejecutivo de la RDS. Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) (1993 – 1996).
- Responsables del Proyecto “Metodología para la Integración de un Sistema Central de Información sobre Infracciones e Infractores contra los recursos naturales (Flora y Fauna Silvestres Terrestres) de la República Mexicana” (SIRENA) para la PROFEPA (1995 – 1996).
- Responsable del Proyecto “Integración de un Sistema de Información sobre Legislación relativa al Aprovechamiento de elementos de la Vida Silvestre en Áreas Naturales Protegidas del Sureste de México (SILEAVISAN)” para PRONATURA (1996 – 1997).
- Estudio, consulta y diseño para el establecimiento del Fondo para las Áreas Naturales Protegidas. Consejo Nacional de Áreas Naturales Protegidas de la Secretaría de Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca (SEMARNAP) y Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza (FMCN), México (1996 – 1997).
- Proyectos (piloto y posteriores) de capacitación para las comunidades rurales que habitan en áreas de invernación de la mariposa monarca para el U.S. Fish & Wildlife Service del Departamento del Interior del Gobierno de los E.U.A., en conjunto con el Instituto Mexicano de Recursos Naturales Renovables (IMERNAR y el Centro campesino para el Desarrollo Sustentable, A.C. (1997 – 1999).
- Elaboración de un proyecto de capacitación, asistencia técnica, manejo y producción en semicautivero de especies de fauna silvestre para el Centro de Capacitación Rural en producción de especies de vida silvestre, Tepoztlán, Morelos (México) (1998).
- Formulación del programa estratégico y asesoría académica y científica para el lanzamiento de la asociación civil Fundación Hombre Naturaleza, A.C. de Emmanuel Acha (cantante) (1998).
- Coordinación general y conducción del proceso para la elaboración de la “Estrategia Mexicana para la Conservación y el Uso de la Biodiversidad” para CONABIO (1998 – 2000).
- Estudio sobre el Financiamiento y consecución de apoyos y fondos en áreas naturales protegidas de México. Estudio de caso para 31 áreas selectas (1999).
- Desarrollo de un análisis estratégico para la eventual operación de SEAWEB en México generando el informe final “Marine Conservation in Mexico, Strategic Evaluation” (1999 – 2000)
- Análisis de los costos incrementales para la Reserva de la Biosfera Sierra Gorda, Querétaro para Grupo Ecológico Sierra Gorda I.A.P y el PNUD (2000).
- Responsable de los proyectos “Asegurando la riqueza biológica del continente: Hacia la conservación efectiva de la biodiversidad en Norte América”, Estrategia de Conservación de la Biodiversidad de Norteamérica , análisis para el Programa compartido de Monitoreo para áreas protegidas marinas de la costa oeste de Norteamérica y Dossiers sobre Conservación y Uso de Suelo y sobre Conservación de Especies de Preocupación Común entre México, EE.UU. y Canadá y Consejo de Ministros para la Comisión de Cooperación Ambiental (CCA) (2000 – 2007).
- Evaluación y diagnóstico crítico de diez años del Programa de Pequeñas Donaciones en México. Para el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) México (2001).
- Conducción (outsourcing) del Programa Agua para la Fundación Gonzalo Río Arronte I.A.P. en coordinación con PG7 Consultores. (2001 – 2015)
- Evaluación del desempeño a lo largo de una década del Programa México del North American Wetland Conservation Council (NAWCC). (2002 – 2003)
- Evaluación técnica de la operación en México de la Convención sobre el Comercio Internacional de Especies de Flora y Fauna en Riesgo (CITES). Para TRAFFIC North America y WWF. (2002 – 2003).
- Participación en el diseño y coordinación de la elaboración de la primera Estrategia Estatal sobre Biodiversidad de Morelos para Comisión Estatal del Agua y Medio Ambiente (CEAMA) y CONABIO (2003).
- Participación y conducción de Evaluación Externa Independiente del Proyecto de Áreas Naturales Protegidas, en dos ocasiones, para el GEF, Banco Mundial, Gobierno de México y el Fondo de Áreas Naturales Protegidas. (2000 y 2003).
- Diseño y conducción del proyecto: Interacciones humanos-vida silvestre en la Reserva de la Biosfera de Sierra Gorda. Rufford Small Grants for Nature Conservation en asociación con la Whitley Laing Foundation (2004 – 2007).
- Asesoría en la elaboración del Plan de Acción para la Conservación de los Ambistómidos Mexicanos con SSC-IUCN y Durrell Institute of Conservation & Ecology (DICE-University of Kent) (2005).
- Análisis “Recursos dedicados a la Conservación de los Recursos Naturales en México: Un Análisis Espacial y Temporal” , para la Iniciativa Ambiental Cuencas de USAID
- Asistencia Técnica para la puesta en marcha del Programa de Conservación de Especies en Riesgo 2007-2012 para la CONANP (SEMARNAT) (2007).
- Análisis de la vulnerabilidad de la Biodiversidad del Estado de Morelos ante el Cambio Climático Global . Programa de Gestión Ambiental Universitaria (PROGAU) Universidad Autónoma del Estado de Morelos. (2011 y 2012).
- Estrategia de recuperación de especies nativas y de control de especies exóticas en el Lago de Pátzcuaro. Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo (UMSNH) e Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA). (2011 – 2012)
- Fortalecimiento de iniciativas locales de recuperación del Achoque (Ambystoma dumerilii) Pátzcuaro, Michoacán. Constitución y secretariado de la “ Red Achoque ” (2013 – 2018)
- Uso Sustentable del Agua en el sector agroalimentario con CENTROAGUA, Inter-American Institute for Cooperation on Agriculture (IICA), GIZ e ITESM.
- Investigación e incidencia para la gestión integrada de cuencas hidrológicas a favor de las comunidades, la conservación de la biodiversidad y la construcción de sustentabilidad en la Selva Lacandona, Chiapas. Proyecto 309125, aprobado en el marco de la Convocatoria FORDECYT 2019-05 para “Elaboración de propuestas de proyectos de investigación e incidencia para la sustentabilidad de los sistemas socioecológicos”. (2019 – 2020)